El impacto del Tren Maya ha dejado un saldo trágico para muchas comunidades. Miles de personas han visto desaparecer sus ingresos y negocios, como los hoteleros en Quintana Roo, debido a las consecuencias de esta obra faraónica.
Asimismo, el proyecto ha puesto en riesgo la ecología de la Península de Yucatán y ha mermado las finanzas públicas.